淺談NTRK fusion

2018年腫瘤治療的偉大突破必然有一篇是關于NTRK Fusion的，隨著LOXO-101和LOXO-292的數據披露，優異的臨床數據讓科學家、投資者都非常看好，2018年11月FDA加速批準larotrectinib上市，僅有30多人的Loxo Oncology被禮來lilly以80億美元收購，同時NCCN指南更新，NTRK寫入2019非小細胞肺癌指南，NTRK的巨大成功也帶來了Basket Trial和Umbrella Trial的重新思考，NTRK fusion的人群占比不是很高(Figure 1)，但是選擇合適的病人入組，帶來了優異的緩釋率，Basket Trial方案被越來越多的臨床實驗考慮，選擇病人入組顯得尤為重要，那我們如何選擇病人？

首先介紹下NTRK的致病機理：

1. 三個NTRK基因（NTRK1，NTRK2和NTRK3）分別編碼TRK蛋白，依次為TRKA，TRKB和TRKC；

2. 作為跨膜蛋白，這些激酶通過配體依賴性起作用，將細胞外信號傳遞到細胞核，刺激細胞生長，增殖和存活，如MAPK / ERK和PI3K / AKT途徑(Figure 2)；

3. NTRK基因融合導致嵌合體蛋白表達，他保留TRK激酶結構域，但不保留配體結合域。NTRK基因傾向于與管家基因融合，一旦融合，具有組成型活性。因此導致各種組織類型的實體瘤發生(Figure 3)。

如何檢測NTRK translocation or Fusion？(Figure 4)

Immunohistochemistry(IHC)：PDA批準了abcam的Anti-Pan TRK antibody，能同時測NTRK1、NTRK2、NTRK3，不能區分是wide-type還是Fusion，同時不是所有的基因融合都導致蛋白高表達。

DNA fluorescence in situ hybridization(FISH)：FISH是根據融合設計探針，每個融合類型都需要單獨設計，未知融合信息的就沒法設計和檢測。

相比較而言NGS是合適的選擇，其中RNA-Seq為適合，因為DNA層面的斷點一般在內含子，內含子較大，且往往GC比例高，擴增檢測和生信分析，都會遇到問題，而且不能確定是否轉錄，而RNA-seq，斷點明確，容易檢測到，靈敏度高，可以檢測到所有融合信息，也明確發生了轉錄。

因此RNA-seq是臨床選擇病人合適的方法，市場急需對應的檢測試劑盒上市，國外已經有一些試劑盒被批上市，國內暫時還沒有NTRK的檢測試劑盒被批。

好的試劑盒離不開好的標準品，科佰生物推出NTRK RNA標準品，助力臨檢試劑盒的開發。

現在已經開發的位點如下，全部經過QC驗證